Déjà, la question n’est pas tant de science naturelle (la divinité étant surnaturelle, la science naturelle ne peut pas la voir) : le débat concerne la religion à l’école en général, et l’école ne forme pas qu’à la science.
 
Mais vous avez une vision restrictive de la science.
La science est l’art de trancher (latin : sciere = trancher).
 
Il faut savoir trancher de manière rationnelle, et dans ce cas, il faut pouvoir s’appuyer sur des preuves tangibles.
 
Mais cela n’est pas toujours possible, que l’on n’ait pas toujours les raisons qui permettent de trancher, ou que les axiomes à la base de nos raisonnements soient montrés contredits.
 
Dans ce dernier cas, il faut pouvoir trancher autrement que par la raison, et on tranchera par opinion, ce qui ne fait pas appel à des preuves, mais à des intuitions.
 
Or trancher par opinion n’est pas forcément se tromper, car parfois les intuitions sont justes. On a vu parfois des gens extrêmement savants se tromper avec insistance, quand leur axiomes était faux (exemple : les alchimistes cherchant la pierre philosophale), cependant que les gens disposant du simple bon sens faisaient les bons choix.
 
Ce qui est affirmé sans preuve est une intuition, et ne peut donc pas être réfuté.
Réfuter ce qui n’est pas réfutable serait idiot. Tout juste peut-on faire part de son intuition alternative.