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"L"évolution filtre les individus par rapport à leur aptitude à engendrer une descendance."

Exactement.
Elle "filtre", donc elle appauvrit l’espèce, ce n’est donc pas un évolution par création d’une nouvelle spécialisation, mais une sélection et donc un appauvrissement du génome, puisque la sélection élimine ou estompe les gènes qui s’avèrent non adaptés à l’environnement dans laquelle l’espèce évolue.
Les espèces définies et cloisonnées peuvent varier pour s’adapter à l’environnement, au climat, à la prédation, etc...) par la manifestation ou l’inhibition de gènes dans le génotype. Cette description correspond à ce qui est actuellement observé expérimentalement en génétique et biologie de la vie (expériences sur les mouches, moustiques, lézards, becs des pinsons, papillons, etc...).

La simulation de la vidéo est totalement ridicule, en modélisant quasiment une cellule comme une simple bille.
Le programmeur ignore totalement l’incroyable complexité du fonctionnement d’une simple cellule humaine (ou animale), capable de produire des dizaines de milliers de protéines différentes pour faire fonctionner des milliers de machines biologiques moléculaires qui fonctionnent en cascade gérant notre système de reproduction et immunitaire (production d’anticorps, coagulation du sang, mécanisme de la vision, transmission de messages, ...), de manière interdépendante, et coordonnée dans le temps et l’espace.

Si une seule de ces fonctionnalités est touchée de manière aléatoire par cycle, comme décrit dans la simulation, alors plus rien ne fonctionne et entraîne des conséquences désastreuses pour l’organisme, la mort ou de très graves maladies (mucoviscidose, diabètes, cancers, mucolipidose de type II, leucémies, maladie de Charcot, etc... ).